##gff-version 3 ##Maize B73 RefGen_v2 ##Zhang L, et al. A Genome-Wide Characterization of MicroRNA Genes in Maize. PLoS Genet. 2009 Nov;5(11):e1000716. Epub 2009 Nov 20. ##A subset of 13 maize miRNAs identified in RefGen_v1 could not be mapped to RefGen_v2. These are included in ZmB73_miRNA.fasta 1 blat miRNA 6415592 6415714 . + . ID=zma-MIR528a 1 blat miRNA 7954980 7955105 . + . ID=zma-MIR171e 1 blat miRNA 12595523 12595631 . + . ID=zma-MIR167j 1 blat miRNA 46848652 46848767 . + . ID=zma-MIR164e 1 blat miRNA 157982827 157982948 . + . ID=zma-MIR482 1 blat miRNA 241298238 241298320 . + . ID=zma-MIR166i 1 blat miRNA 245903464 245903541 . + . ID=zma-MIR171l 1 blat miRNA 246032144 246032270 . - . ID=zma-MIR159e 1 blat miRNA 273293188 273293291 . + . ID=zma-MIR171i 1 blat miRNA 274716709 274716784 . - . ID=zma-MIR166h 1 blat miRNA 283581291 283581432 . - . ID=zma-MIR160d 1 blat miRNA 287728642 287728774 . - . ID=zma-MIR167d 1 blat miRNA 292578889 292579069 . + . ID=zma-MIR390a 1 blat miRNA 298277019 298277107 . + . ID=zma-MIR169l 2 blat miRNA 751658 751783 . + . ID=zma-MIR393a 2 blat miRNA 1960054 1960127 . - . ID=zma-MIR396c 2 blat miRNA 6321644 6321709 . - . ID=zma-MIR395d 2 blat miRNA 6322300 6322369 . - . ID=zma-MIR395f 2 blat miRNA 6322460 6322525 . - . ID=zma-MIR395g 2 blat miRNA 6331765 6331849 . - . ID=zma-MIR395e 2 blat miRNA 6331765 6331849 . - . ID=zma-MIR395h 2 blat miRNA 6331942 6332011 . - . ID=zma-MIR395i 2 blat miRNA 6332583 6332667 . - . ID=zma-MIR395j 2 blat miRNA 6332742 6332855 . - . ID=zma-MIR395b 2 blat miRNA 6333397 6333545 . - . ID=zma-MIR395a 2 blat miRNA 8904385 8904502 . + . ID=zma-MIR171c 2 blat miRNA 11299979 11300112 . + . ID=zma-MIR169c 2 blat miRNA 16341824 16341947 . - . ID=zma-MIR399e 2 blat miRNA 16805842 16805965 . - . ID=zma-MIR171h 2 blat miRNA 31493020 31493145 . + . ID=zma-MIR156e 2 blat miRNA 49290033 49290150 . + . ID=zma-MIR2118b 2 blat miRNA 49290225 49290372 . + . ID=zma-MIR2118d 2 blat miRNA 49356075 49356219 . + . ID=zma-MIR2118g 2 blat miRNA 169527758 169527897 . + . ID=zma-MIR398a 2 blat miRNA 180193496 180193662 . - . ID=zma-MIR156f 2 blat miRNA 192700339 192700489 . + . ID=zma-MIR169j 2 blat miRNA 201408880 201408999 . + . ID=zma-MIR2275d 2 blat miRNA 216627448 216627599 . - . ID=zma-MIR164a 2 blat miRNA 236870675 236870790 . - . ID=zma-MIR160f 3 blat miRNA 2748321 2748537 . - . ID=zma-MIR159c 3 blat miRNA 2801942 2802154 . + . ID=zma-MIR319b 3 blat miRNA 7774272 7774395 . - . ID=zma-MIR156b 3 blat miRNA 18638816 18638923 . + . ID=zma-MIR393b 3 blat miRNA 25490976 25491190 . - . ID=zma-MIR159f 3 blat miRNA 37610280 37610409 . + . ID=zma-MIR169a 3 blat miRNA 96704652 96704752 . - . ID=zma-MIR169m 3 blat miRNA 105546028 105546164 . + . ID=zma-MIR166l 3 blat miRNA 119175685 119175874 . + . ID=zma-MIR167a 3 blat miRNA 119177648 119177890 . + . ID=zma-MIR167g 3 blat miRNA 144884289 144884462 . + . ID=zma-MIR172e 3 blat miRNA 180667115 180667257 . - . ID=zma-MIR397a 3 blat miRNA 189204037 189204161 . + . ID=zma-MIR399d 3 blat miRNA 192088192 192088310 . + . ID=zma-MIR167f 3 blat miRNA 212116898 212117106 . + . ID=zma-MIR319a 3 blat miRNA 229987641 229987744 . + . ID=zma-MIR169n 4 blat miRNA 12909537 12909674 . + . ID=zma-MIR169o 4 blat miRNA 25719885 25720136 . + . ID=zma-MIR159g 4 blat miRNA 30201533 30201654 . + . ID=zma-MIR2275a 4 blat miRNA 30201689 30201770 . + . ID=zma-MIR2275b 4 blat miRNA 47241963 47242153 . + . ID=zma-MIR169i 4 blat miRNA 47454177 47454304 . - . ID=zma-MIR169d 4 blat miRNA 47513567 47513694 . + . ID=zma-MIR169h 4 blat miRNA 47513568 47513695 . - . ID=zma-MIR169e 4 blat miRNA 83887632 83887783 . - . ID=zma-MIR156a 4 blat miRNA 137179087 137179203 . - . ID=zma-MIR156i 4 blat miRNA 150406705 150406796 . + . ID=zma-MIR166c 4 blat miRNA 154166525 154166646 . + . ID=zma-MIR394b 4 blat miRNA 154715956 154716077 . - . ID=zma-MIR399b 4 blat miRNA 171126410 171126532 . + . ID=zma-MIR172c 4 blat miRNA 173295127 173295263 . + . ID=zma-MIR396a 4 blat miRNA 173300108 173300273 . - . ID=zma-MIR396e 4 blat miRNA 176498951 176499058 . + . ID=zma-MIR164f 4 blat miRNA 228641917 228642039 . - . ID=zma-MIR399a 4 blat miRNA 228643117 228643184 . + . ID=zma-MIR399g 4 blat miRNA 234515128 234515226 . + . ID=zma-MIR171a 4 blat miRNA 239095553 239095656 . - . ID=zma-MIR168b 5 blat miRNA 2763821 2764012 . + . ID=zma-MIR390b 5 blat miRNA 4303816 4303947 . + . ID=zma-MIR167c 5 blat miRNA 7688809 7688935 . + . ID=zma-MIR167b 5 blat miRNA 8541270 8541424 . - . ID=zma-MIR171f 5 blat miRNA 20310731 20310812 . - . ID=zma-MIR171m 5 blat miRNA 21933694 21933797 . - . ID=zma-MIR166d 5 blat miRNA 43021403 43021523 . - . ID=zma-MIR160b 5 blat miRNA 74340501 74340604 . - . ID=zma-MIR168a 5 blat miRNA 82423152 82423235 . - . ID=zma-MIR397b 5 blat miRNA 92369224 92369342 . - . ID=zma-MIR156d 5 blat miRNA 146894716 146894809 . + . ID=zma-MIR399h 5 blat miRNA 146903662 146903752 . + . ID=zma-MIR399i 5 blat miRNA 160574955 160575080 . + . ID=zma-MIR529 5 blat miRNA 164711362 164711511 . + . ID=zma-MIR169f 5 blat miRNA 167348212 167348333 . - . ID=zma-MIR827 5 blat miRNA 182040463 182040592 . - . ID=zma-MIR162 5 blat miRNA 183857642 183857731 . - . ID=zma-MIR156l 5 blat miRNA 193819088 193819213 . + . ID=zma-MIR394a 5 blat miRNA 210632198 210632365 . - . ID=zma-MIR166k 5 blat miRNA 210632469 210632624 . - . ID=zma-MIR166m 5 blat miRNA 214340396 214340512 . + . ID=zma-MIR396f 5 blat miRNA 214350891 214351004 . + . ID=zma-MIR396g 5 blat miRNA 215851121 215851246 . - . ID=zma-MIR172b 6 blat miRNA 9144627 9144726 . + . ID=zma-MIR160c 6 blat miRNA 84226489 84226701 . - . ID=zma-MIR166a 6 blat miRNA 91449745 91449830 . + . ID=zma-MIR160g 6 blat miRNA 96127864 96127986 . - . ID=zma-MIR156k 6 blat miRNA 138306590 138306760 . - . ID=zma-MIR164g 6 blat miRNA 141610040 141610167 . + . ID=zma-MIR164b 6 blat miRNA 153356824 153357093 . - . ID=zma-MIR164c 6 blat miRNA 159686859 159686963 . - . ID=zma-MIR399f 6 blat miRNA 159694634 159694840 . + . ID=zma-MIR399c 6 blat miRNA 167813975 167814048 . + . ID=zma-MIR172d 7 blat miRNA 9830212 9830330 . - . ID=zma-MIR167e 7 blat miRNA 38540171 38540278 . + . ID=zma-MIR398b 7 blat miRNA 42481791 42481902 . - . ID=zma-MIR171g 7 blat miRNA 111130596 111130660 . - . ID=zma-MIR169p 7 blat miRNA 115969120 115969240 . + . ID=zma-MIR156g 7 blat miRNA 124539680 124539833 . + . ID=zma-MIR166j 7 blat miRNA 130652700 130652824 . - . ID=zma-MIR156j 7 blat miRNA 135706179 135706311 . - . ID=zma-MIR169k 7 blat miRNA 160445193 160445281 . - . ID=zma-MIR1432 7 blat miRNA 172723300 172723515 . - . ID=zma-MIR164d 8 blat miRNA 4791975 4792130 . + . ID=zma-MIR169b 8 blat miRNA 10392580 10392825 . + . ID=zma-MIR159a 8 blat miRNA 10528867 10529066 . + . ID=zma-MIR159h 8 blat miRNA 10532710 10532961 . + . ID=zma-MIR159i 8 blat miRNA 10544675 10544926 . + . ID=zma-MIR159j 8 blat miRNA 10585048 10585247 . + . ID=zma-MIR159k 8 blat miRNA 10588923 10589143 . + . ID=zma-MIR159b 8 blat miRNA 26767956 26768167 . - . ID=zma-MIR319d 8 blat miRNA 26822638 26822854 . + . ID=zma-MIR159d 8 blat miRNA 38488497 38488643 . - . ID=zma-MIR408b 8 blat miRNA 118806902 118807120 . + . ID=zma-MIR164h 8 blat miRNA 126521604 126521709 . + . ID=zma-MIR169q 8 blat miRNA 148277363 148277578 . - . ID=zma-MIR319c 9 blat miRNA 15361288 15361423 . - . ID=zma-MIR396b 9 blat miRNA 15361306 15361429 . + . ID=zma-MIR396h 9 blat miRNA 24367084 24367258 . - . ID=zma-MIR399j 9 blat miRNA 96668331 96668408 . - . ID=zma-MIR171n 9 blat miRNA 109138534 109138659 . - . ID=zma-MIR169r 9 blat miRNA 126244364 126244484 . - . ID=zma-MIR171d 9 blat miRNA 153482414 153482491 . - . ID=zma-MIR528b 10 blat miRNA 59878128 59878256 . + . ID=zma-MIR171j 10 blat miRNA 71458040 71458276 . + . ID=zma-MIR2275c 10 blat miRNA 79171225 79171308 . - . ID=zma-MIR395k 10 blat miRNA 79171396 79171476 . - . ID=zma-MIR395l 10 blat miRNA 79171525 79171606 . - . ID=zma-MIR395m 10 blat miRNA 79171671 79171808 . - . ID=zma-MIR395c 10 blat miRNA 117678415 117678534 . - . ID=zma-MIR2118f 10 blat miRNA 117678636 117678778 . - . ID=zma-MIR2118e 10 blat miRNA 117728730 117728847 . - . ID=zma-MIR2118a 10 blat miRNA 117752102 117752234 . - . ID=zma-MIR2118c 10 blat miRNA 128528004 128528118 . - . ID=zma-MIR156h 10 blat miRNA 137316379 137316482 . - . ID=zma-MIR171k 10 blat miRNA 142971155 142971239 . + . ID=zma-MIR171b 10 blat miRNA 144744374 144744439 . + . ID=zma-MIR395n 10 blat miRNA 144744547 144744772 . + . ID=zma-MIR395o 10 blat miRNA 144744865 144744953 . + . ID=zma-MIR395p 10 blat miRNA 147902552 147902625 . + . ID=zma-MIR396d 10 blat miRNA 148715141 148715237 . - . ID=zma-MIR393c